Мета роботи - вивчення структурних особливостей, що забезпечують селективність аміноацилюючого сайту лейцил-тРНК синтетази із Thermus thermophilus (LeuRSTT) по відношенню до амінокислот, і пояснення механізму зв'язування субстрату претрансферного редагування. Вісім амінокислот, запропонованих як субстрати аміноацилювання і вісім аміноациладенілатів (сформованих з АМФ і восьми амінокислот) було підготовлено у вигляді цвіттер-іонів. Кристалічну структуру білка із субстратом в аміноацилюючому сайті [PDBID:1OBH] було одержано із RCSB бази даних. Параметри докінгу й оцінка ефективності ліганду припускали дворазовий аналіз конформацій за допомогою пакету Gold CCDC. Моделювання молекулярної динаміки проводилось з використанням Gromacs. Процедури релаксації та детального дослідження було розподілено на 2 послідовних моделювання тривалістю 50 нс і 5 нс. Оцінку ефективності зв'язування 8-ми амінокислот було здійснено завдяки аналізу на основі 2-х оціночних функцій і було показано, що ліганди LeuRSTT за цими властивостями можна розташувати в наступному порядку: Leu > Nva > Hcy > Nle > Меt > Cys > Ile > Val. МД показала нижчі електростатичні взаємодії ізолейцину з активним сайтом ферменту у порівнянні з норваліном і лейцином. У випадку аміноациладенілатів суттєвих відмінностей не було знайдено. Молекулярна динаміка лейцил-, ізолейцил- і норваліладенілату показала, що найбільш стабільним і конформаційно вигідним субстратом є лейцин, а не норвалін і ізолейцин. Крім того, було виявлено, що TYR43 в активному сайті екранує карбоксильні групи лейцину і норваліну і відхиляється убік за присутності ізолейцину, дозволяючи молекулі води наблизитися. Висновки: в дослідженні виявлено деякі причини відбору субстратів залежно від форми, розміру і гнучкості радикала. Результати для різних амінокислот, одержані за допомогою молекулярного докінгу і МД, добре корелюють з експериментальними даними за першим етапом аміноацилювання. МД аміноациладенілатів показала, що складність в активації деяких амінокислот може бути викликана двома причинами: надмірною гнучкістю через розмір радикалу або структуру і швидким гідролізом проміжного субстрату під час нуклеофільної атаки молекулами води.

  Повний текст PDF - 725.783 Kb    Зміст випуску     Цитування публікації

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"