Зазначено, що найважливішим етапом у будь-якому протеомному дослідженні є екстрагування та приготування білкових зразків. Краща розчинність білків забезпечує більш якісне їх розділення в гелі та, відповідно, ідентифікацію більшої кількості поліпептидів, а відтак - точніше виявлення відмінностей в експресії генів, що їх кодують. Проте низка методичних труднощів, пов'язаних зі складністю організації рослинної клітини, змушує добирати методи одержання препаратів білків у кожному конкретному випадку. У зв'язку з цим було проведено моніторинг методів одержання та електрофоретичного розділення білкових екстрактів із коренів і бульбочок сої, вирощеної за інокуляції Tn5-мутантами Bradyrhizobium japonicum на фоні різного азотного забезпечення. Відібрано найефективніші методи для подальшого виявлення кількісних та якісних змін білкових профілів сої.