Розглянуто дослідження біологічно важливих консервативних сегментів у нуклеотидних та амінокислотних сиквенсах вірусів рослин, проведені за допомогою методу комп'ютерного аналізу. Одержані результати показують, що інтерактивна графічна візуалізація коротких ідентичних або подібних сайтів у наборах сиквенсів споріднених вірусів надає можливість виявити різнорідні специфічні елементи такі як прямі, інвертовані, тандемні, протилежні та регулярні повтори; делеції/вставки; GC/АТ-багаті ділянки; контексти кодонів, причетних до ініціації та термінації трансляції; сигнали ініціації транскрипції; спонтанні заміни нуклеотидів; вибірковість використання кодонів тощо. Для виявлення і дослідження різних біологічно важливих ділянок сиквенсів можуть використовуватися дуже короткі і прості комп'ютерні програми, засновані на загальному алгоритмі сканування. Різноманітні графічні об'єкти, що з'являються в процесі візуалізації подібних сайтів, можуть бути програмно конвертовані у відповідні нуклеотидні чи амінокислотні сиквенси і записані у текстові файли. Зміни деяких параметрів сканування або незначна модифікація певних програмних модулів суттєво розширюють можливості комп'ютерних програм. Набори маленьких і простих комп'ютерних програм, одержані шляхом послідовних модифікацій якоїсь вихідної програми, являють собою зручний інструмент для швидкого виявлення і дослідження різних біологічно важливих сегментів сиквенсів.

  Повний текст PDF - 420.769 Kb    Зміст випуску     Цитування публікації

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"