Інститути:

• Бібліотекознавства
  • Відділ теорії та методології бібліотечної справи
• Рукопису
  • Відділ кодикології та кодикографії
  • Відділ джерелознавства
  • Відділ фондів рукописної спадщини
  • Відділ фонду юдаїки
• Архівознавства
  • Відділ архівознавства і документознавства
  • Відділ археографії
  • Відділ історії академічної науки
• Книгознавства
  • Відділ стародруків та рідкісних видань
  • Відділ бібліотечних зібрань та історичних колекцій
  • Відділ зарубіжної україніки
  • Відділ образотворчих мистецтв
  • Відділ музичних фондів
• Біографічних досліджень

Центри:

• Центр бібліотечних електронних ресурсів і технологій
  • Відділ інформаційно-комунікаційних технологій
  • Відділ наукової організації електронних інформаційних ресурсів
  • Відділ технологій дистанційного обслуговування
• Центр науково-бібліографічної інформації
  • Відділ довідково-бібліографічного обслуговування
  • Відділ міжбібліотечного абонемента
• Центр формування бібліотечно-інформаційних ресурсів
  • Відділ комплектування
  • Відділ наукового опрацювання документів
  • Відділ наукового формування національних реферативних ресурсів
• Центр консервації і реставрації
  • Відділ наукових технологій збереження фондів
  • Відділ реставрації
  • Відділ оправи
• Центр дослідження соціальних комунікацій
  • Служба інформаційно-аналітичного забезпечення
  • Національна юридична бібліотека
  • Фонд Президентів України

Відділи:

• Відділ національної бібліографії
• Відділ газетних фондів