Підручний фонд ІР – це довідкова бібліотека Інституту, що виконує функції науково-довідкового апарату і є важливим джерелом інформації для науковців. Вона налічує близько 11000 книг та журналів, що висвітлюють історію письма та друку і є необхідними в процесі опрацювання рукописних матеріалів.

Комплектування підручної бібліотеки зумовлене тематикою рукописних джерел, які надходять до фонду Інституту. Пропоновані науковцям видання пов'язані зі всебічним дослідженням рукописних фондів, насамперед археографічного, джерелознавчого, кодикологічного, філігранознавчого, книгознавчого характеру. Вони відтворюють основні напрями наукового використання рукописних та документальних зібрань.

Переважна більшість матеріалів присвячена вивченню рукописів, пов'язаних з історією України. Крім них, до складу підручної бібліотеки входять видання з палеографії (слов'янської, латинської, грецької та східної), текстології, архівознавства, історії України, історіографії, релігієзнавства, історичного мовознавства (питання походження слов'янських та української мов), історії мистецтв, дипломатики, геральдики, генеалогії, етнографії, археології. Особливої уваги заслуговують описи та каталоги окремих зібрань та колекцій з архівів України, Росії, Бiлoрусі, Польщі, Чехії та Словакії, Болгарії та інших країн. Неоціненним скарбом є і збірка довідників з філігранознавства - найбільша в Україні. Наукові археографічні публікації архівних джерел з історії України, Росії, Білорусі (літописи, акти, хроніки, мемуари, листування) розширяють джерельний масив фондів Інституту.

Науковцям, що займаються різними аспектами опису рукописних матеріалів, стають у пригоді методичні розробки з питань опису рукописних книг та документів, археографічні та спеціальні описи рукописних збірок, особистих збірок та окремих унікальних рукописів, факсимільні та препринтні видання рукописних пам’яток різних країн.

Довідкова література фонду представлена загальними і галузевими енциклопедіями, виданими різними мовами, біографічними словниками, покажчиками до періодичних видань, різноманітними довідниками, путівниками по вітчизняних та зарубіжних архівах.

Окрему частину підручного фонду становить "Колекція дарів Інституту рукопису". Її формують, перш за все, примірники видань, в яких здійснено публікацію рукописних матеріалів і документів підрозділу. Не менш важливою складовою колекції є праці дослідників, написані повністю або частково на основі вивчення рукописів Інституту. Особливо вдячний Інститут за подаровані закордонні видання, які дають уявлення про стан дослідженості окремих проблем археографічної науки в інших країнах.

                      Бази даних:

•   Дослідження рукописних та архівних фондів (Каталог підручного фонду ІР)
• Каталоги, путівники, покажчики Інституту рукопису

Видання Інституту рукопису, що зберігаються у підручному фонді:

1. Грецькі актові документи і листи з фондів Центральної наукової бібліотеки ім. В. І. Вернадського АН УРСР : Каталог рукописів XVI-XIX ст. / упоряд. Є. Чернухін. - К., 1991. - 54 c.
2. Грецькі рукописи у зібраннях Києва : Каталог / упоряд. Є. Чернухін. - К. ; Вашингтон, 2000. - 384 c. : рис.)
3. Чернухін Є.К. Рукописна латинська книга в фондах Інституту рукопису // Рукописна та книжкова спадщина України. Вип. 2 Археографічні дослідження унікальних архівних та бібліотечних фондів / Відп. ред.: Л.  А. Дубровіна, Г. В. Боряк; НАН України. ЦНБ. Ін-т рукоп., Ін-т укр. археогр. та джерелознавства. – К., 1994. С.174-188.
4. Булатова С. О.  Архів реформатів Руської провінції (Provincia Russia) // Рукописна та книжкова спадщина України. Вип. 2. – К., 1994. – С. 136 – 141
5. Лось В.  “Асta monasterii Lubarensis”: джерело до вивчення історії василіанського чернецтва Правобережної України (друга половина XVIII – перша половина XIX ст.// Рукописна та книжкова спадщина України.- вип..13, К., 2009.- С. 224-241.
6. Л. А. Гнатенко  Слов'янська кирилична рукописна книга XIV ст. з фондів Інституту рукопису Національної бібліотеки України імені В.І.Вернадського : каталог: кодиколого-орфографічне дослідження: палеографічний альбом / Л. А. Гнатенко ; голова ред. кол. О. С. Онищенко; НАН України, Національна бібліотека України ім. В.І.Вернадського. - К.: НБУВ, 2007. - 266 c.
7. Л. А. Гнатенко  Слов'янська кирилична рукописна книга XV ст. з фондів Інституту рукопису Національної бібліотеки України імені В.І.Вернадського : Каталог / Л.  А. Гнатенко; НАН України, Національна бібліотека України ім. В.І.Вернадського. - К.: НБУВ, 2003. - 198 с. : 158 ил.
8. Іванова О. А., Гальченко О. М., Гнатенко Л. А. Слов’янська кирилична рукописна книга XVI ст. з фондів Інституту рукопису Національної бібліотеки України імені В.І. Вернадського : наук. кат. : палеогр. альбом. — К., 2010
9. Пересопницьке Євангеліє 1556-1561 рр. Дослідження. Транслітерований текст. Словопокажчик / Видання підготувала І.П. Чепіга за участю Л. А. Гнатенко; Вступне слово О.С. Онищенка; Дослідження І.П. Чепіги, Л. А. Гнатенко, Л. А. Дубровіної. - К., 2001. -703 с. ; Пересопницьке Євангеліє. - Факс. вид. - К. : АДЕФ-Україна, 2008. - [964 с.].
10. Києво-Могилянська академія в документах і рідкісних виданнях з фондів Національної бібліотеки України імені В.І.Вернадського. Випуск 2 :   Документи з історії Києво-Могилянської академії за матеріалами фондів інституту рукопису (1615-1817) : Каталог / уклад. Т. В. Міцан, відп. ред. Л.  А. Дубровіна ; НАН України, Національна бібліотека України ім. В.І.Вернадського; НАН України, Національна бібліотека України ім. В.І.Вернадського. - К.: НБУВ, 2003. - 480 c.
11. Особові архівні фонди Інституту рукопису : Путівник / Ред. колегія: О. С. Онищенко (відп. редактор), Г. В. Боряк, Л.  А. Дубровіна (заст. відпов. редактора), Н. М. Зубкова, С. Г. Даневич (відп. секретар), Т. І. Ківшар, С. Г. Кулєшов, В. Ю. Омельчук, Ю. А. Пінчук, П. Т. Тронько; Національна академія наук України. Національна бібліотека України ім. В. І. Вернадського. Інститут рукопису. – К., 2002. – 768 c.
12. Сергєєва І. А.  Архівна спадщина Семена Ан-ського у фондах Національної бібліотеки України імені В. І. Вернадського / Ред. кол.: О. Онищенко (голова), І. Шевченко (співголова), Г. Боряк, Р. Процик, Л.  А. Дубровіна; НАН України, Національна бібліотека України імені В. І. Вернадського, Центр досліджень історії і культури східноєвропейського єврейства. – К.: ДУХ І ЛІТЕРА, 2006. – 544 c.
13. Шолохова Л. В. Фоноархів єврейської музичної спадщини: колекція фонографічних записів єврейського фольклору із фондів Інституту рукопису : анотований каталог фоноциліндрів та нотних і текстових розшифровок / ред. кол.: О. С. Онищенко (голова), Л.  А. Дубровіна (заст. голови). В. Ю. Омельчук, І. Б. П’ясковський, О. І. Мурзіна, І. А. Сергєєва. - К. : НБУВ, 2001. - 843 с. - Рос. мовою. - К.: НБУВ, 2001. - 843 c.